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从本质上讲，米利根案和梅里曼案大同小异，其结果的截然相反主要是因为时机不同。在内战初期，联邦军队一败再败，军心大乱，必然会倾向以军法严惩判乱分子。而米利根案判决时内战已结束，此时此刻，在涉及军方对平民的司法管辖权问题上，大法官们很自然会倾向于和平年代的法治和秩序。
值得注意的是，虽然大法官们一致作出决定，但是对这一决定的法理基础却存在尖锐的分歧，以致有关判决书直到12月7日才公布。
由戴维斯(Davis)法官起草的判决书再次强调了宪法的神圣性：“美国宪法是统治者和民众的法律，不论平时还是战时，……乃至在一切情况下，都是一样有效的”，因此，在普通法院存在的情况下，对平民的军法审判违反了宪法所规定的由大陪审团定罪和公开审判的原则。尽管审判米利根的军事法庭是由行政当局合法建立的，但是总统或国会并没有授权它在普通法庭仍正常工作情况下审判平民。他们的立场很明确，不论是总统还是国会，在任何情况下都无权中止人身保护权。
虽然蔡斯和其他三位法官同意总统无权中止人身保护权，但他们却认为在特定的情况下国会有权这样作，也没有违反宪法。在附加意见中蔡斯指出，《1863年的人身保护权法》(the Habeas Corpus Act of 1863)旨在保证平民在普通法庭受审，但是，根据战时权力，国会能够通过为进行战争所需的立法。如果国会认为普通法庭不能够惩罚叛国罪，它可以授权军方审判罪犯。
蔡斯等共和党大法官的这一立场主要跟当时美国内战后在南方的重建有关。当时联邦军队对南方叛乱地区实施军事占领，为维持社会治安、保护刚刚解放的黑人免遭过去奴隶主的报复，军方被授予了很大的权力，而关于米利根的判决在一定程度上限制了军事当局的权力。此后，南方反对黑人的暴力活动有所抬头，大多数共和党人相信军事法庭为保障黑人安全所需。当保守的约翰逊总统以米利根案为借口削弱军事当局在南方的权力时，很多共和党人纷纷批评最高法院的决定，他们特别担心，最高法院会宣布《1867年的重建法》(the Reconstruction Act of 1867)违宪，因为它授权军方可以在过去的叛乱州内审判平民。
应该指出的是，坦尼在梅里曼案中对林肯行政命令的质疑是有其宪法基础的，但是，战争期间毕竟不同于和平时期，权大于法是不争事实。这场大法官与总统之间的司法大战证明了美国宪法之父汉密尔顿的一句名言：最高法院“既无钱又无剑”，是三权中最弱的一方。虽然马歇尔在马伯里诉麦迪逊案中确立了司法审查权，最高法院可以宣布总统的行政命令或国会法案违宪，但如果行政当局拒绝执法，最高法院其实连军营门口一个站岗的大头兵都指挥不动，更别说总统了。最高法院若强行下令执法，只会自取其辱。这个案例中严酷的现实会让那些崇尚法治至上和程序正义的人们倍感痛苦。所谓司法独立、司法权威，即使在美国有时也难以始终如一。
从政治上讲，为了战争胜利，军方对叛乱分子军法从事有其合理性。一旦国家处于战争状态，包括言论自由、正当法律程序在内的公民宪法权利必然会受到限制，对间谍罪、叛乱罪涉嫌案犯的军法审判可能因一时无法核实证据，只好先关起来再说，否则危害会更大。过份强调个人自由和权利，有可能对国家安全造成极大损害。但是，即使在战时或紧急状态下，政府和军方无视法律和司法程序的现象也是个令人头疼的严重法律问题。因此，如何处理此案中涉及的问题，实际上是一个宪政难题。
从长远来看，米利根案在美国宪政史上意义深远。从此以后，不论是两次世界大战期间，还是美国60年代社会骚乱时期，美国本土没有人再敢尝试停止人身保护权的做法。
但夏威夷是个例外。第二次世界大战期间，还是美国领地的夏威夷在日本袭击珍珠港后，根据1900年国会为它制定的《夏威夷组织法》宣布军事戒严，停止了人身保护权。这一军管状态直到1944年10月才结束。
美国本土虽然没有停止人身保护权，但在加利福尼亚出现了美国历史上最严重的一起破坏公民自由的事件。根据罗斯福总统的1942年的一项行政命令，加利福尼亚把11.2万日裔美国人（其中7万是美国公民）从西海岸强迫迁移到犹他、怀俄明等内陆州的集中营。为此，其中的一位美籍日本人是松（Korematsu）曾经把美国政府告到最高法院。1944年12月18日，最高法院以6比3裁定，将日本人强制性迁移到集中营虽与美国的基本原则不符，但出于军事需要，是战时临时措施的一部份。拘留行为不是种族歧视，拘留营（relocation centers）也不是集中营（concentration center）。但持异议的法官则认为这是对公民宪法权利的“明显侵犯”。
美国的这一严重破坏公民自由的案件40年后才改正，是松和其他的幸存者每人得到了2万美元的赔偿。1998年，已经老态龙钟的是松获得了总统自由奖章。
9.11事件后，美国的公众自由面临着新的考验。作为反击，美国在世界范围开始进行一场反恐怖主义战争，并在国内采取了一些限制公众自由、特别是外国人个人权利的做法。布什政府以反恐战争为由设立军事法庭，准备审判关押在美军位于古 巴关塔那摩的军事基地的恐怖分子。由于国内外舆论对布什政府的做法颇有微辞，因此，在2002年1月正式公布军事法庭审判条例时美国国防部修正了原来比较僵硬的考虑。
由于9.11事件的切肤之痛，设立特别军事法庭的目的是以非常规手段审判那些其母国不愿审理的外国人。有民权人士为这些俘虏抱不平，告到加利福尼亚州的联邦地区法院，但法院以原告权利并没有受到直接损害因而无诉讼资格为由加以驳回。 ( 作者：任东来) 上一页 [1] [2] [3]
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